Pieksämäen kirkko oli alun perin arkkitehti Toivo Paatelan suunnittelema rukoushuone. Sen vihkivät käyttöön apulaispiispa Paavalin johdolla rovastit Aleksanteri Gaurilow, Lauri Mitronen ja Niilo Hodju sekä ylidiakoni Leo Kasanko helmikuun 10. päivänä 1957.
Rukoushuoneen ikonit maalasi Veikko Marttinen.
Vuonna 1973 rukoushuone liitettiin kaupungin vesijohto- ja viemäriverkostoon ja entisen ruumishuoneen tiloihin rakennettiin wc. Vuonna 1980 Joensuun piispa Aleksi esitti seurakunnan luottamushenkilöille ikonostaasin hankkimista pyhäkköön. Vuonna 1984 seurakunta pyysi arkkitehti, rovasti Paul Hesseltä kokonaissuunnitelmaa rukoushuoneen sisätilojen saneeraamiseksi. Suunnitelma piti sisällään uusitun alttarin, ikonostaasin, 16 uutta ikonia, sisätilojen maalauksen sekä valaistuksen ja sähkötöiden uusimisen.
Saneeraus toteutettiin vuonna 1985. Uudet ikonit maalasi pastori Mitro Repo Helsingistä. Ne edustavat slaavilais-pariisilaista ikonimaalausperinnettä. Hienon ikonostaasin valmisti puuseppä Markus Parkkonen. Vanhat Veikko Marttisen ikonit lahjoitettiin Valamon konservointilaitokselle.
Uuden ikonostaasin ja saneeratun kirkon vihkimisen suorittivat 25.11.1985 Joensuun piispa Tiihonin johdolla rovastit Heikki Makkonen ja Leo Iltola sekä kirkkoherra Pekka Jyrkinen.
Kirkkoherra Markku Toivasen aikana rukoushuone vihittiin kirkoksi. Vihkimisen suorittivat 9.1.2004 arkkipiispa Leon johdolla arkkimandriitta Herman, rovastit Pertti Ruotsalainen ja Markku Toivanen, pastorit Leo Tuutti ja Jyrki Penttonen sekä ylidiakoni Kimmo Kallinen.
Kuva: Pertti Pirhonen